Las traqueotomías suelen ser seguras, pero conllevan algunos riesgos. Lo más probable es que algunas complicaciones se presenten durante la cirugía o poco después. El riesgo de dichas complicaciones aumenta en gran medida cuando la traqueotomía se realiza como un procedimiento de emergencia. Algunas de las complicaciones inmediatas son:
- Sangrado
 - Daño en la tráquea
 - Aire atrapado en el tejido debajo de la piel del cuello (enfisema subcutáneo), que puede causar problemas de respiración y daño en la tráquea o el esófago
 - Acumulación de aire entre la pared del tórax y los pulmones (neumotórax), que produce dolor, problemas de respiración o colapso pulmonar
 - Se puede acumular sangre (hematoma) en el cuello y comprimir la tráquea, lo cual produce problemas de respiración
 - Mala colocación o desplazamiento del tubo de traqueotomía
 
- Desplazamiento del tubo de traqueotomía de la tráquea
 - Estrechamiento de la tráquea
 - Formación de tejido anormal en la tráquea
 - Obstrucción del tubo de traqueotomía
 - Desarrollo de un pasaje anormal entre la tráquea y el esófago (fístula), que puede aumentar el riesgo de que ingresen líquidos o alimentos en los pulmones
 - Desarrollo de un pasaje entre la tráquea y la arteria innominada (fístula traqueoinnominada), que puede generar un sangrado potencialmente mortal
 - Infección
 - Colonización bacteriana, que puede causar enfermedades, como neumonía
 
Si aún se necesita la traqueotomía después de recibir el alta del hospital, el paciente debe asistir a consultas regulares para controlar las posibles complicaciones. También debe recibir instrucciones para saber cuándo llamar al médico en el caso de que presente problemas, como:
- Sangrado en la zona de la traqueotomía o en la tráquea
 - Dificultad para respirar a través del tubo
 - Dolor o cambio en el nivel de comodidad
 - Enrojecimiento
 - Hinchazón
 - Cambio en la posición del tubo de traqueotomía